Sie hat seither als Sachverständigen-Kommission die Aufgaben, Sicherheitsbewertungen gentechnischer Arbeiten vorzunehmen, den Bund, die Länder und mit gentechnischen Arbeiten befasste Institutionen in Fragen der Sicherheit in der Gentechnik zu beraten und Empfehlungen auszusprechen. Dies betrifft alle Bereiche, in denen mit gentechnisch veränderten Organismen umgegangen wird: experimentelle Forschungsarbeiten im Labor, Arbeiten zu Produktionszwecken in Fermentationsanlagen der Industrie, aber auch die Freisetzung und das Inverkehrbringen gentechnisch veränderter Pflanzen und Mikroorganismen. Mit dem Inkrafttreten des Gentechnikgesetzes (GenTG) im Jahr 1990 wurde die ZKBS institutionalisiert. Unterstützung findet die ZKBS durch ihre Geschäftsstelle, die im Zentrum Gentechnologie angesiedelt ist.